L’Estonie est bordée au nord par le golfe de Finlande, à l’est par la Russie, au sud par la Lettonie et, à l’ouest, par la mer Baltique. L’Estonie possède 1 520 petites îles ; les deux plus vastes, Saaremaa et Hiiumaa, séparent le golfe de Riga de la mer Baltique.
C’est un pays de plaines basses et de collines, parsemé de nombreux lacs et cours d’eau. L’altitude moyenne est d’environ 50 m, le point culminant du pays n’atteignant que 318 m. Le littoral, rocheux, est long d’environ 3 794 km. Les marécages et les lacs couvrent plus de 25% du territoire. Les deux lacs les plus importants sont le lac Peïpous sur la frontière orientale et le lac Võrts-Järv dans le centre sud du pays, qui à eux deux représentent près des quatre cinquièmes de la surface lacustre totale.
Le climat est de type continental, tempéré par les influences maritimes. Les précipitations sont modérées avec une pluviométrie moyenne annuelle qui varie entre 500 et 700 mm.
